海神的女兒波妞從深海出逃玩耍，卻被困在玻璃瓶里沖到岸上，碰巧被住在岸邊懸崖的宗介救出，兩人因此相識。但是波妞的父親——魔法師藤本，認為人類世界骯臟丑陋，強行把波妞帶回海里。面對父親的阻撓、席卷小鎮的海嘯，以及永遠失去魔法的威脅，波妞仍然大膽而堅決地決定——要變成人類跟宗介在一起。而承諾要永遠保護波妞的宗介，也即將面臨新的挑戰...