X檔案關閉后，穆德（David Duchovny 大衛?杜楚尼 飾）和斯科莉（Gillian Anderson 吉蓮?安德森 飾）被分開，穆德受命執行監聽工作，斯科莉則回到學院讀書，某日國會議員麥特森（Raymond J. Barry 飾）向穆德透露一條消息，稱在波多黎各接收到外星人的電訊，為了在特種部隊之前找到外星人的證據，穆德只身前往，得知消息的斯科莉趕到穆德住處，從電腦中的旅客名單中找到線索，尾隨來到波多黎各。