距離暗殺殺老師（二宮和也 配音）的最后期限越來越近，一直潛伏在三年E班的秘密武器也終于出動。背負莫大仇恨的茅野楓（山本舞香 飾）露出了隱藏已久的觸角，向殺老師展開絕命襲擊。恰恰借助這一事件，殺老師講述了自己和E班曾經的代課老師雪村亞久里（桐谷美玲 飾）一段永生難忘的淵源。圍繞著暗殺行動是否進行，潮田渚（山田涼介 飾）、赤羽業（菅田將暉 飾）等人截然分成兩派。他們一面希望令地球免于毀滅的 ，一面試圖拯救殺老師的生命。與此同時，沉默已久的各國政府也開始醞釀最后的行動，而作為一切混亂的肇事者白先生（成宮寬貴 飾）亦將成為決定殺老師命運的重要存在。師生告別的時刻終將到來……