正在調查墜落在太平洋上的不明飛行物體的海上自衛(wèi)隊二尉有動貴文（大澄賢也），遇到了突然出現的藍光，受發(fā)光體的影響，導致遺傳因子標準的變質，變成了兇惡的怪獸THEONE。之后，他（THEONE）從防衛(wèi)廳內的特殊機關BCST（對生物工程學的研究機關）的監(jiān)視下逃走，從此就沒了音訓。　　另一方面，航空自衛(wèi)隊F15J飛行員真木舜一（別所哲也），為了多點時間陪伴患有先天性疾病的兒子繼夢決定辭去官職。在最后一次飛行中真木與“紅色發(fā)光體”在空中相遇。這是theone事件后3個月發(fā)生的事情。但是真木奇跡般地生還，然后轉職成為了民航機飛行員，展開了新生活。對這樣的真木還是有機關非常關注，尤其是BCST中的化學擔當官水原沙羅，BCST將真木強制帶走，在廢工廠中搭建的BCST研究室進行身體上的監(jiān)視。此時行蹤不明的怪獸THEONE像被某種東西吸引而回來了。遭受THEON..eee