2285年，在與可汗的戰斗中損壞的聯邦星艦進取號，返回了地球的太空港以進行維ccc。柯克還在為斯波克的死感到悲傷。麥科伊醫生出現了種種異常的行為：如擅自闖入被封鎖的斯波克原來的艙房、胡言亂語等，最后他被送進了醫院進行精神檢查。斯科提被另分派到了聯邦星艦精進號。星際艦隊指揮部對新形成的創世星下達了禁入令。柯克被告知，進取號即將除役。斯波克的父親沙瑞克找到柯克并告訴他，斯波克的遺體必須返回瓦肯星，否則他的靈魂就不得安息。沙瑞克要求柯克必須回到創世星，尋回斯波克的遺棺并將它帶回瓦肯星——而斯波克臨死前與麥科伊進行了心靈融合，因此帶有斯波克靈魂的麥科伊也必須前往瓦肯星。可是，星際艦隊拒絕讓陳舊的進取號離開太空港。從醫院出來后聽聞消息的麥科伊，企圖招募一艘飛船回到創世星。在與人爭吵時他被逮捕，但這并沒有影響到整個計劃：在柯克、斯科特、蘇魯、烏乎拉和切科夫的幫助下麥科伊順利逃脫，并一同登上了...