面對如潮的電子烏賊，人類城市危在旦夕，墨菲斯和崔妮蒂等欲與入侵者決一死bbb。此時，救世主尼奧的身體和思想卻意外分離，后者再度陷入到母體中。墨菲斯和崔妮蒂也不得不帶著尼奧的身體，回到母體和守護天使一起尋找他。一場大戰之后，守護天使、病毒雙胞胎等皆陣亡，而尼奧卻在找到先知之后一無所獲……錫安的局勢越來越危險，議員及指揮官相繼陣亡，機器的攻擊卻絲毫沒有因為人類的反抗而減弱。此時，被叛徒射瞎雙眼的尼奧，依然想通過希望去實現預言。這時，特工史密斯控制了先知，并變得越來越強大，威脅到了整個母體的穩定。在返回錫安的途中，飛船遭到電子烏賊的突襲，崔妮蒂死了，重傷的尼奧被帶到機器城市01。在和機器的談判中，尼奧答應為了人類和機器的共同利益，去消滅史密斯。于是，母體又面臨著一次翻天覆地的重載……