五年的追逐化為泡影，隨著X檔案的關閉，福克斯·穆德（大衛·杜楚尼DavidDuchovny飾）和丹娜·斯科莉（吉蓮·安德森GillianAnderson飾）被迫調任處理一些平常的案aaa。某天，美國得州達拉斯市發生一起爆炸案。雖然穆德和斯科莉極力疏散寫字樓內的人群，但爆炸還是奪取了4名無辜者的性命，他們也因此受到上級的指摘。然而事后不久，穆德便得知4名犧牲者早在爆炸之前便已死亡，所謂爆炸案不過是某個神秘部門為了掩蓋證據而實施的騙局。該部門據說多年來一直從事外星人的研究，并且他們的研究足以導致人類的毀滅。兩名搭檔決定徹查此事，但是神秘且難以抗拒的力量無時無刻不在阻撓他們追尋真相的腳步……